## shRNA 设计网站：高效构建基因沉默工具### 简介 shRNA（小发夹RNA）是一种重要的基因沉默工具，它能够特异性地靶向并降解目标基因的mRNA，从而抑制基因表达。设计高效的shRNA序列是成功进行基因沉默实验的关键。近年来，许多在线网站和软件应运而生，为科研人员提供便捷的shRNA设计服务。本文将介绍一些常用的shRNA设计网站，并详细分析其特点和优势。### 1. 常用的shRNA设计网站 以下列举几个常用的shRNA设计网站：#### 1.1

siRNA Wizard

网站地址:

[https://www.sirnawizard.com/](https://www.sirnawizard.com/)

特点:

提供多种算法选择，例如，

Ambion's

,

Invitrogen's

,

Dharmacon's

,

Qiagen's

等。

支持多种物种，包括人类、小鼠、大鼠等。

提供靶点基因序列分析，并预测脱靶效应。

可根据用户需求定制shRNA载体。#### 1.2

RNAi Designer

网站地址:

[https://rnaidesigner.invitrogen.com/rnaidesigner.aspx](https://rnaidesigner.invitrogen.com/rnaidesigner.aspx)

特点:

由Invitrogen开发，基于成熟的RNAi技术和算法。

提供多种shRNA设计方案，并进行脱靶效应预测。

可选择不同的shRNA载体，并提供相应的实验步骤指导。

支持基因沉默验证实验，提供相应的验证工具和方法。#### 1.3

OligoEngine

网站地址:

[https://www.oligoengine.com/](https://www.oligoengine.com/)

特点:

提供多种基因沉默工具设计，包括siRNA、shRNA、miRNA等。

支持多种物种，并提供丰富的靶点信息。

提供专业的脱靶效应预测和分析功能。

可定制shRNA序列，并提供相应的合成服务。### 2. shRNA设计原则 设计高效的shRNA序列需要遵循以下原则:

靶向区域选择:

选择GC含量适中、无二级结构、无重复序列的靶点区域。

起始密码子附近:

shRNA靶点最好位于起始密码子附近，以最大程度地抑制目标基因的翻译。

脱靶效应预测:

选择脱靶效应较小的shRNA序列，避免对非目标基因产生影响。

验证实验:

设计好的shRNA序列需要通过实验验证其沉默效率。### 3. 总结 shRNA设计网站为科研人员提供便捷高效的基因沉默工具设计服务。选择合适的shRNA设计网站，并遵循设计原则，可以有效地提高基因沉默实验的成功率。### 4. 参考文献

[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3327281/](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3327281/)

[https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271100100X](https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001448271100100X)

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